佛门又因二圣与妖教圣人女娲交好，使唐僧师徒一行在西游途中将不服妖教之妖尽数除灭，降妖除魔无数，如平天大圣牛魔王、碧波潭驸马九头虫等，或死或逃，或被佛门所收，是为清理四荒，得大功德。
最终师徒五人至灵山见得如来，返本还源、悟彻菩提，取得三藏真经。唐三藏遂成旃檀功德佛，孙悟空为斗战胜佛，猪悟能为净坛使者菩萨，沙悟净为八宝金身罗汉，敖烈为八部天龙菩萨。三藏法师又返回大唐，将大乘佛法传于中原。道教气运大减，老子、元始欲削弱佛教，终究无果。不久又有鉴真东渡，将大乘佛法传进东瀛。自此西游东渡完结，有诗赞曰：
盛世绵长牡丹砌，自在显圣赐锦斓。
三藏真经福泽至，供养诸天顾眷怜。
八十一难常作苦，九九归真释厄传。
返本还源悟透彻，弘法东鉴渡仙凡。
唐明皇李隆基时，虽供奉太清，却因道教气运没落，无数左道旁门蛊惑君心，唐明皇日渐昏腐。其时西域大食同大唐起冲突，于怛罗斯大战一场，最后不了了之。是以怛罗斯之战本应为开皇大劫开端，却因业力不足，以致并未起劫。此后中原再次大乱，玄宗鬼迷心窍，竟梦游月宫、调戏嫦娥仙子，致使天庭震动。玉帝遣对大唐早有怨念的青龙转世为安禄山，蛊惑玄宗并发动叛乱，引发四海分崩，是为月唐纷争。
月唐纷争时，道门为挽救李唐王室，有老子遣小徒太白金星下界为李太白，壶打安禄山。天庭遣白虎下凡，为令公郭子仪，以儒教之名护天子之脉，是以道教终究气数衰落、难稳王室之原因。而通天教主也欲重建截教，故意与师兄做对，派金壁风等左道相助安禄山。
趁中原战乱，雪域珠峰自莲花生大士统一之后，日渐强盛，乃出兵入侵长安城。郭子仪又上马出征，平定入侵。儒教此后大兴中原，直至与中原气运息息相关，号称人教正统。四海之内，无不尊奉文宣王孔子，是以儒教步步高升，成为圣教。通天教主也因与孔子结交，扶立儒教，得天道赞誉。孔子几乎因信而成圣，虽不是圣人，所掌儒教却远超道、佛、妖、幽冥诸教气运。
第十五节【八仙过海，天理昭然】
儒教虽成人教正统，相比玄门却是无甚精深修为，相比佛门则是更加先天不足。儒教仅有掌中原道统和氏璧镇本教气运，而无立教之根本，鸿钧赐予孔子之江山瑟也因镇压开皇大劫业力，沾满因果。今儒教以与道、佛并谈，鸿钧指引孔子东行，欲将日出之地混沌钟托付孔子，以作立教根本。
孔子东行，在东瀛与伊奘诺尊相见。伊奘诺尊为杨眉大仙弟子，又隐居千年，修为早已高深莫测，孔子深羡之，不知洪荒除六圣之外竟有其他混元金仙。
诺尊师弟海潮老人自助嬴政统一之后，也自隐于高天原修行，与天下龙王结交，欲立阴阳教，以掌东瀛气运。海潮早就觊觎师尊杨眉手中的二十四品清微白莲，此宝传到大师兄伊奘诺尊手中后，海潮几番讨要，要做白莲之主立教，诺尊被纠缠到无可奈何，约定在海潮聚集四海龙王立教后必会相予。
熟知清微白莲是天理化身，故天性恣纵，自落入孔子之手，认其为主，孔子与诺尊二人皆惊异之。此事却惹怒海潮。海潮立教后，见白莲成孔子法宝，便认定师兄毁约。四海龙王本欲率群鳞甲入海潮教门，得自立之地，阴阳教却失了立教根本，皆怨恨孔子。
海潮老人欺孔子修为浅薄，召集起四海龙王，在孔子返途中阻截，欲以四海之水淹没，夺回清微白莲。伊奘诺尊突然现身，出手助孔子化险为夷，矛剥龙王之鳞。海潮大怒，与师兄决裂，发誓夺回立教法宝。
此时太上老君门下铁拐李，亦点化汉钟离、张果老、韩湘子、吕洞宾、何仙姑、蓝采和及曹国舅七人飞升，是为八仙。八仙遂往天庭赴羽化盛宴，又在蓬莱阁同师尊道德圣人相会。此事引得中原无数道人、头陀以及儒士前来拜谒，共听圣人之言。
八仙学成，同众随行者渡东海返回九州。期间铁拐李建议八仙不乘舟渡，而各凭法宝回程，引得八仙过海、各显神通。东海龙王得知，趁老子已返回大罗天，派龙子龙孙出海劫八仙，夺八仙法宝，圣人所赐玄黄白云板对付孔子。八仙大怒，遂做法将泰山沉于东海之中，几乎填海，水族遭殃。有诗述之曰：
蓬莱八仙阁，
东海显威德。
龙王乘劫吓，
岱宗沉大泽。
孔子请来西方如来、玄门老君以及伊奘诺尊三位神圣前来调解，严惩龙王，并将海潮老人囚于老子乾坤图中。
八仙过海时，众随行者中有一儒士名为朱熹，生性清洁廉明，时人称之为万世清官，又天生独爱莲，那日与道士卜卦，知东海将现白莲，方来观看八仙过海。儒教教主孔子出现时，朱熹舍身取回法宝玄黄白云板，立大功于诸教主前，又持圣物牙笏拜见孔子。孔子赞赏之，将二十四品清微白莲展现在诸天仙陀面前，清香四溢，不亚于西方功德金莲。朱熹远观白莲而不亵玩，方悟其中天理。是为朱子见白莲而悟天理。
孔子遂以清微白莲为立教根本，因点拨朱子晓悟天理，以朱子教化万民之功，自身功德成圣，是为先师孔圣。孔圣人重解四书，清楚天道与天理的对立，而让朱子提“存天理，灭人欲”，即为世人皆需保全体内天理，以存灵智神识，而又需灭除大欲，不可被天理牵制，为所欲为。自此理学初立，有诗赞曰：
朱子独爱莲，
舍身玄板前。
至幸睹圣面，
存理灭欲言。
儒教教主成圣，诸天六圣皆惊。其中元始天尊最为忿怒。如今玄门落后于佛教，又有儒圣新立，成一大敌，道教已成三教末流。通天教主自以为可借儒教东山再起，不料反成就了孔圣。而孔圣也因修为最末，又因曾问道李聃，故在七圣中最为卑微。
女娲自从西游之后，借机肃清重掌妖教，欲收服鲲鹏，以寿华国不死民为中心，向外传教。鲲鹏自知难敌娲皇圣人，但又不想失去在寿华国的至尊之位，乃引幽冥教南下，假称欲与冥河交好，使冥河门下群魔掌寿华气运，自己则返回北海妖师宫，闭门不出。
冥河万分感激鲲鹏，以为又有了传教之地，不知娲皇圣人大怒，亲临南溟，将幽冥教诸魔将虐杀大半，冥河不敌，反被女娲所擒，将前事俱言女娲。女娲知此是鲲鹏之计，遂作法将北极天柜山塌下，似囚笼一般将北冥鲲鹏困住。鲲鹏惧圣人之威，不敢再现身洪荒。
寿华国的妖教、幽冥教双双覆灭后，准提立刻引三大士将佛法传入，此后南溟诸国皆信服佛教，以暹罗为最盛。而冥河老祖经寿华之事，门下修罗几乎死伤殆尽，座下四大弟子中梵天与欲色天也被佛门乘机度去。冥河将鲲鹏妖师与西方佛教视为死敌，发誓除之。但因冥界有三教镇守，又不敢轻举妄动。
冥河知元始天尊亦对佛教大有不满，将佛法视为外道，便有意联合之，但因自己身卑位低，又不对此事抱有希望。不料不久元始同师兄老子二清亲自同冥河会于血海，因世间业力过重，开皇大劫已无法镇压，即将显现于世，故二清有意以幽冥教之力，助真命主统一人间界，败坏佛、儒气运。
此时佛教真是今非昔比，已同封神时判若两教。只因传播广泛，天毒、暹罗、东瀛、中原以及雪域珠峰皆有信众，故有大禅师悟佛，争释佛意，大能辈出。有诗称道此盛况：
结礼焚香诵心咒，扶跏长坐念楞严。
万法归宗势极乐，三世诸佛佑妙源。
恒河十亿娑婆释，功德金轮光镜盘。
心至慈悲聆圣谛，阿耨菩提五蕴涵。
第十六节【冥河灭法，紫霄显劫】
自从孔子成圣，天道便渐而疏远儒教，只因朱熹悟彻天理，为天道所不容。通天教主惧怕触忤鸿钧，被天道除圣位、贬入轮回，也开始与孔子划清界限。而孔圣却试图借之前通天之助，使截教与儒教合一，提升儒士修为，并得截教气运。
冥河虽大喜于二清联合之事，但仍对元始天尊能倾囊相助心存疑惧，为留后手，遂与儒教圣人孔丘相会，交换护法神兽哈奴曼与貔貅。而孔子却对开皇大劫之事无甚言语。
冥界忘川河畔的彼岸花田，伫立了亿万年之久，每株皆积攒了无数死灵的记忆。若加之以引导，必能作为入侵六道轮回的跳板。冥河一心雪耻，于奈何桥凝怨气集众生往世记忆为彼岸花主，占据六道轮回中的四道，道教酆都大帝也得二清明命，未对幽冥教出手，并欲拖延佛门地藏王使其亦未作出应对。冥河控制住四道生灵转世，聚集起一支庞大部落，皆为幽冥教信徒。冥河以门下阿修罗族与其混血，迅速攻入佛教腹地天毒国，屠戮万姓。是为冥河灭法。
幽冥教因教引蛮人屠虐天毒，抵消了先前开辟恒水救护天毒生民的功德。此后天毒成幽冥教之地，终年有血海腐臭之气。而佛教实际并无大损，佛光继续普照在暹罗与雪域等地。
而冥河并未罢休，他又在中原之北，聚集起仅存的一支巫族部落——祝融部落巫族，向这些先天缺失灵智的残暴生灵传幽冥教法。此时，魔罗无天的恶尸修炼为魔尊大黑天，立誓杀遍群佛。冥河以大黑天为祝融部落主神，并取“天火”二字的上古巫族密文“蒙兀”为名，立蒙兀族，自称蚩尤九黎族之后。他又让诸阿修罗以及天毒混血之人与蒙兀族通婚，使得蒙兀族人逐渐有了灵气。
因开皇大劫到来，冥河一路助蒙兀横扫海外，一统北极。破北冥时，鲲鹏释放出天柜山内的天泽水，又冰封万里，试图让火之祖巫的后裔丧身在冰天雪地。却不知蒙兀族已是无数族类混血，极为耐寒，且有魔尊大黑天相助，将鲲鹏围困。
而鲲鹏因有妖师之名，使得北海妖族修士纷纷前来助战，蒙兀始终无法突破群妖之阵。冥河为报鲲鹏灭教之仇，不惜将幽冥血海内的污泥血水灌入北冥，因自己与血海实为一体，进而让自己可以控制北冥，将群妖碾为齑粉。
鲲鹏见冥河已近乎于丧心病狂，知自己难逃一死，但冥河手中又有元屠、阿鼻二剑，杀人不沾因果，故鲲鹏不想让自己白白丧命开皇大劫，乃入挚友人教南华真人梦中，求其相救。又以妖教妖师之名，命门下群妖以女娲娘娘为尊，妖教尽归于娲皇至尊。
南华真人庄周用自己的梦境作为鲲鹏避难之所，并亲自以太上老君弟子身份前往娲皇宫，请圣人出山，女娲却仍因鲲鹏前愆之事而不予理睬。此时也值鲲鹏子孙由南海迁回北冥，冥河命蒙兀天汗弯弓射天，将所有仙禽一一射杀，以显军威。鲲鹏痛心不已。
鲲鹏知自己时日不多，又无圣人袒护，后悔自己当初在太一天庭盗书而逃，又自立门户与妖教之主分庭抗礼。鲲鹏自愿离开庄周梦境，与冥河老祖直面，双方斗法震颤蒙兀巫族及门下诸多妖族修士。最终鲲鹏落败，冥河却凭元屠、阿鼻二剑而未惹上因果。但北海群妖纷纷因鲲鹏之死而自尽，自堕轮回，终究让冥河沾上因果。其他修士谨遵鲲鹏遗旨，自称女娲门人，以娲皇圣人为尊，妖教一统。
在鲲鹏被冥河击败之时，南华真人打开梦境，将万妖之师的一丝魂魄引入其中，从此鲲鹏永远以一魂一魄的形态存在于挚友庄周的迷梦当中。妖师鲲鹏就此陨落，有诗曰：
扶摇九天揽明月，万妖至师尊北冥。
千里冰封印河洛，自隐偏隅暂安宁。
寿华不死因果计，天柜致祸娲皇行。
无边血污沾羽翅，幻想逍遥游太平。